El Instituto de Física Arroyo Seco (IFAS) depende de la Facultad de Ciencias Exactas de la UNICEN. Sus investigadores, becarios y personal técnico también pertenecen a la Unidad Ejecutora CIFICEN (Centro de Investigaciones en Física e Ingeniería del Centro de la Pcia. de Bs. As.) que es un centro de investigación más amplio de triple dependencia, a saber, UNICEN, CONICET (Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas) y  CICPBA (Comisión de Investigaciones Científicas de la Provincia de Buenos Aires).

Al igual que todos los Núcleos de Investigación en la Facultad de Ciencias Exactas, el IFAS posee un Consejo de Control de Gestión el cual tiene como función principal velar por el adecuado funcionamiento de la institución.  Además, posee un Consejo Asesor Interno constituido por representantes de cada uno de los Grupos de Investigación que componen el IFAS, se reúne periódicamente con el fin de brindar apoyo y asesorar a la Dirección del Instituto.